蔬菜净化加工过程中存在的主要问题是极易腐烂变质，其防止的关键技术是保鲜措施。根据优农中心5年来生产经验可知，合理利用冷柜贮藏保鲜技术，既能保证箱装净菜的质量，又能带来显著的经济效益。
延长蔬菜保鲜期
果蔬产品经过净化加工后，其表面组织细胞被破坏，微生物侵染面积增加，伤口呼吸作用增强，营养消耗加剧。呼吸强度和微生物状况是决定净菜货架期质量的主要因素，而温度则是影响呼吸强度和微生物繁殖速度的主要外界因素。温度越高，呼吸强度越大，果蔬呼吸代谢越强，各种营养成分消耗也越快，其结果是加速细胞分解，严重地降低果蔬耐贮性与抗病性。低温是抑制微生物生长最有效和最安全的方法，在5℃以下温度环境中，各种微生物繁殖就会得到很明显地抑制，从而有效地保证净菜的质量与新鲜度。但并非所有的净菜均适宜于低温，有许多蔬菜对低温比较敏感，容易发生冷害。例如黄瓜、西葫芦、苦瓜等在7℃以下很容易受冷害，其冷害症状表现为表面呈水煮状、组织软腐、食用部分变苦或风味迅速减退，失去食用价值，因此对那些容易受低温冷害的蔬菜，可以采取分批进货或推迟进货时间，边包装边装箱的形式，或者采取个别存放等保温措施，防止冷害发生。尽管许多蔬菜对低温比较敏感，但是由于净菜极易腐烂变质，贮藏期短，所以在生产量小、货物又可及时销售的情况下，在实际操作中可忽略产品冷害问题。
使用保鲜柜进行保鲜时应注意事项
1 温度
采用冷柜保鲜技术，控制好冷柜中的温度是关键。作为短期贮藏的净菜产品，一般冷柜内的温度应控制在2~4℃即可，对于易受冷害的蔬菜(如黄瓜、西葫芦、苦瓜等)可放在5~7℃冷柜中，或者采取加盖棉被等保温措施，防止蔬菜受冻。蒜薹、西兰花等易老化的蔬菜应放在0℃左右库中。为保证成品菜质量，避免温度变化剧烈，呼吸代谢增强，蔬菜修整与覆膜也应在2~5℃条件下进行。
2 湿度
为了保证蔬菜的新鲜度，减少失水萎蔫，贮藏加工期间湿度一般控制在80%~95%。并且在存放过程中，根据贮物量及冷藏展示柜温度情况，注意随时通风换气。
3 适当晾晒
香菇、洋葱、生姜等表面含水量较大品种，入库前必须适当晾晒，减少其覆着在蔬菜表面上的水分，延长贮藏期。
4 防止堆压

进库蔬菜应整齐地摆放在货架上，或者打垛放在库中，防止码垛过高堆压对蔬菜造成机械损伤或垛内发热，导致蔬菜质量下降。